Элис с группой своих клонов совершает нападение на штаб-квартиру корпорации "Амбрелла", расположенную в защищенном подземном бункере под улицами Токио. Уничтожается весь персонал и охрана комплекса, но в последний момент председатель корпорации - Альберт Вескер спасается на одном из боевых вертолетов. Активировав систему самоуничтожения подземного комплекса, он тем самым уничтожает всех клонов Элис. Сама же она совершает безуспешную попытку убить Вескера в вертолете. Он вводит ей препарат, выводящий из организма Т-вирус, превращая Элис снова в обычного человека. Но, Вескер не успевает ее убить, вертолет терпит крушение в окресностях Токио. В выживших остается одна Элис. Позже Элис отправляется на самолете в единственное не пораженное вирусной инфекцией место - город "Аркадия" на Аляске, куда ранее улетели ее друзья. На месте она понимает, что не существует никакого города - здесь только пустырь, полный прилетевших на сигнал самолетов и вертолетов без людей. Там же она находит Клэр Рэдфилд с прикрепленным на ее грудь механическим пауком (позже выяснится, что паук стирает память и повышает агрессивность носителя).
Клэр и Элис вылетают в уничтоженный Лос-Анджелес, где обнаруживают несколько десятков выживших, укрывшихся на крыше городской тюрьмы. Так как улицы города по-прежнему кишат толпами зомби, Элис принимает рискованное решение приземлиться непосредственно на крышу здания. Выжившие в начале думали, что самолет прилетел с "Аркадии", сигнал которой они также получают по радио. Позже выясняется, что "Аркадия" является не городом, а кораблем, в настоящее время находящимся у берегов Лос-Анджелеса. В глубине тюрьмы Клэр находит своего брата Криса Рэдфилда, запертым в одной из камер во время бунта заключенных.
Выжившие покидают тюрьму и отправляются через канализацию к побережью, откуда отплывают на "Аркадию". Выясняется, что корабль принадлежит "Амбрелле", где также проводятся эксперименты над людьми. В одном из помещений корабля Элис находит Альберта Вескера, который и рассказывает ей конечную цель экспериментов. Т-вирус, дает ему сверхчеловеческую скорость и силу, но является очень нестабильным, стремящимся поглотить остатки человеческой ДНК Вескера. Для поддержания стабильного состояния необходимы регулярные инъекции препаратов с ДНК незараженных людей, для поиска которых и был создан этот корабль.
В ходе последующей схватки Элис, Клэр и Крис Рэдфилд расстреливают Вескера и запирают его тело в отсеке корабля, что не мешает ему всего через пару минут сбежать с "Аркадии" на боевом вертолете. Вескер также, как и в Японии активирует систему уничтожения корабля, но обнаруживает бомбу у себя в вертолете, предусмотрительно установленую Элис. Мощный взрыв полностью уничтожает вертолет и Альберта Вескера.
В заключительных кадрах фильма Элис обновляет сигнал корабля "Аркадия", на что немедленно реагирует "Амбелла", высылая десятки своих боевых вертолетов на перехват выживших.