Из действительно атмосферных книг назову лишь Дезертир. Книга довольно сильно выделяется от остальных в серии и тем доставляет. Эта не та Зона к которой мы привыкли, она другая гораздо, гораздее...
Ну здесь вопрос даже не стоит. Первые книги серии объективно самые насыщенные атмосферой сталкера. Пойдем по порядку.
3 рассказа про Клыка (четвертый уже менее годен) изобилуют различными оборотами, нагнетающими, именно нагнетающими, нужное настроение.
Дезертир, сильно выделяющийся из ряда книг вселенной, также не отстает. Зона показана там совершенно по-другому (и во многом автор прав), в этом главный сок книги.
P.S.
Многие тут пишут про книги Недоруба - Песочные часы и т.к. Как по мне в этих книгах атмосфера настоящей Зоны передана слабовато. Не сравнить с перечисленными выше книгами. Все же автор писал больше про Зону игровую ( ярко выраженные локации, которые прям так и называются, тому прямой пример). Да, сюжет великолепный( хоть и не без изъянов в первой книге) и реализация не хромает, но атмосфера заброшенности и уныния явно отсутствует. Дальше в Зону, ближе к небу...