В 2011 году группа сталкеров подобралась очень близко к центру Зоны. В результате случился сильнейший Выброс, который полностью изменил Зону. Там, где ранее были безопасные территории, появлялись аномалии, в результате чего целые отряды сталкеров оказывались запертыми среди них и погибали. Вместе с тем от аномалий освобождаются территории, о которых ранее ничего не было известно. В результате разгорается вражда между группировками за новые территории, поля артефактов и сферы влияния. Начинается война группировок. Однако Зона остаётся такой же нестабильной, её часто сотрясают выбросы. Эти и последующие события описывает данная игра.
Главным героем является наёмник по имени Шрам. Он вёл через болота группу учёных с лагеря на Янтаре, когда произошёл Большой Выброс. Все члены группы погибли, однако наёмник выжил. Он был найден на железной дороге сталкерами группировки «Чистое небо» — секретной группировки, которая изучала Зону и причины её появления. Сталкеры доставили тело Шрама на базу группировки, где он пришёл в себя.